小儿脑积水病因可因先天禀赋不足、胎气怯弱、肾气亏虚，或因大病之后，耗伤脾肾之阴致病；亦可因外感风邪、热毒，或内因后天失调，脾胃虚弱等致病。近年，尚发现某些颅脑脊髓手术不当，脑窍阻塞而引发本病的。其病机可概括如下：
　　肾虚 多因先天不足，肾气亏虚。肾主骨，生髓，脑为髓海，肾虚则不能生髓养骨，以致颅囟逾期不合，颅骨缝裂，头颅增大。如为肾阴耗损，水不胜火，火气逆上，蒸灼脑髓，髓热而颅缝开解，囟门宽大，致成此病症。 
　　脾虚 常系后天失调，脾胃虚弱，运化失常，以致清阳不行，浊阴不降，饮邪上犯，停聚颅内，导致颅缝开解。 
　　热毒 外邪入侵，热毒炽盛，壅积于内，阻塞窍络，或素有痰饮，郁久化热，上冲于脑，腑气不能下行，气机郁结，水液停聚，发为解颅。
　　瘀阻 可因肾气亏而气血衰少，运行无力；致血瘀脑络，或脾虚水浊上犯，与脑络瘀血互结，或手术不当，瘀血积留，均可压迫脑髓，阻塞脑窍，瘀闭日久，则外渗化水。