肠结核轻症患者没有任何症状。重症有不规则发热，腹痛和消化道障碍（包括食欲减退、消化不良、恶心、呕吐、腹胀、腹泻或腹泻与便秘交替。腹痛的部位在脐上，脐周围，下腹部尤其是右下腹部，呈阵发性疼痛或阵发性绞痛，腹痛可发生在饭后2-3小时或5-6小时。腹痛发作时常伴有腹鸣，并有肠梗阻，大便带血，甚至是脓血便。大便有腐臭味，大便量多。患者消瘦，或出现营养不良性水肿，贫血和糙皮病等。