萎缩性鼻炎的病因还不十分清楚，一般认为本病分原发性和继发性两种。
    原发性：可能为营养不良和全身疾病的一种局部表现，维生素A、B2、E缺乏，钙代谢紊乱，内分泌失调均可引起本病，胶原性疾病也可伴发本病。随着人们生活条件与卫生习惯的改善，发病逐渐减少，病变程度也比较轻。
   继发性：慢性化脓性鼻炎时脓性分泌物的长期刺激，以及高浓度粉尘和有害的化学气体经常刺激鼻粘膜，可引起萎缩性鼻炎。